恐怖分子在一間教堂里散播病毒,導致俄羅斯東部一座城市完全消失。同樣的噩運即將降臨日本,日本警視廳嚴陣以待,并請18歲的天才黑客高木藤丸(三浦春馬 Haruma Miura 飾)協助參與其中。藤丸的父親也是警察,原本負責這起案件,后因卷入誤殺事件而被通緝。恐怖組織的折原麻彌(吉瀨美智子 Michiko Kichise 飾)以生物老師的身份進入到藤丸所在的高中,并監視著藤丸。為了保護妹妹小遙生命安全,藤丸不得已答應了恐怖組織的要求盜取發電廠管理員密碼給對方。在百貨公司里,致命的bloody—x病毒懷疑被小丑散播,警視廳出動所有人力,為求保住東京市,差點讓所有人命喪當地。幸好藤丸及時發現病毒是假的,虛驚一場。但當所有人都暫時放下心來時,恐怖組織已經開始踏出真正的第一步。 Bloody Monday,是所有死去的人最后說出的話,也是最大的秘密與陰謀。