在風景秀麗,氣候宜人的王冠市,即將舉行神奇寶貝足籃世界杯比賽,屆時,大批的觀眾和訓練師會涌入此處,整個城市將會陷入一片歡樂的海洋之中。小智(松本梨香 配音)一行人正在前往王冠市的路上,旅途中,他們遇見了名為索羅亞的神秘神奇寶貝,它不僅能夠幻化成人類的姿態,還能夠通過心電感應和人類交流。 小智和索羅亞結伴前行,哪知道王冠市竟然發生了神奇寶貝暴動事件,雷公、炎帝和水君本是城市的守護神,卻不知為何向市民們發起了進攻,城市之中一片混亂景象。這一切的始作俑者是名為克林克斯(陣內孝則 配音)的企業家,而他亦是索羅亞想要尋找的同伴。