未來世界,人類文明高度發達,智能機器人大量涌現,已在日常生活中占據重要的位置,而且人類為了獲得永恒的生命,也嘗試將自己改造為機器人。同時,一列名為“銀河鐵道999號”的宇宙列車擔負起連接地球和宇宙文明的使命,星系從此不再遙遠。 少年星野鐵郎(野沢雅子 配音)的母親被嗜好殺戮的機械伯爵殺害,他肩負母親的囑托,決定前往安達羅星云改造身體,為此不惜在車站搶奪他人的銀河鐵道999號車票,不過也因此邂逅了容貌與母親極其相像的梅蒂爾(池田昌子 配音)。憑借梅德爾的幫助,他終于踏上999號列車,繼而展開一段充滿未知的旅程…… 本片為《銀河鐵道999》第一部劇場版動畫?!?