二十世紀初的日本太正時代,自明治維新以來的文明開化已進行了五十余年?! ‰S著西洋文化和日本傳統文化的交匯融合,帝都·東京逐漸成為現代化建筑鱗次櫛比,蒸汽鐵道、地下鐵道縱橫交錯,馬車、人力車、蒸汽車川流不息的繁華都市。然而,這也是一座有著怪物和咒術等非現實存在的魔幻都市?! 榱藢箯牡氐壮霈F的強大魔物“降魔”,陸軍成立了由將校中的靈能者組成的特殊部隊——對降魔部隊,成員即“二刀二劍”的4位繼承者:米田一基,持有 “神刀·滅卻”;山崎真之介,持有“光刀·無形”;藤枝菖蒲,持有“神劍·白羽鳥”;真宮寺一馬,持有“靈劍·荒鷹”。四人僅憑自己的血肉之軀和手中的神劍與魔物作戰,史稱“降魔戰爭”。激戰的結果,陷入絕境的對降魔部隊被迫使出最后的手段——利用“魔神器”發動“破邪之血”。魔神器即日本上古時代流傳下來的三種祭器:劍、珠、玉,可以成為魔力的增幅器。繼承真宮寺家“破邪之血”的一馬,以自己的生命為代價用魔神器將降魔們封印,而山崎真之介也在此戰中失蹤…… 太正十一年,以妖僧天海為首的邪惡組織“黑之巢會”蠢蠢欲動。仇視近代文明的天海為了復辟德川幕府的統治,率領手下的死天王葵叉丹、彌勒、修羅、羅剎,操縱著利用古代咒法生出的魔物——魔操機兵在帝都展開了破壞活動。為了對抗這新的威脅、守護帝都和民眾,在花小路伯爵的大力支持下,新的政府直屬對降魔組織——帝國華擊團(簡稱“帝擊”)·花組成立了。在米田一基、藤枝菖蒲的領導下,花組集結了6名具備高靈力的少女:真宮寺一馬的女兒、靈劍·荒鷹的繼承者真宮寺櫻;神崎財閥總帥忠義的孫女、精通神崎風塵流長刀術的神崎堇;俄國革命的勇士、曾有“食火鳥”之稱的瑪麗亞·橘;自幼就因超常的靈力被與世隔絕、年僅10歲的法國貴族千金愛麗絲;在辛亥革命的戰亂中失去親人、精通機械的中國少女李紅蘭;以及桐島流空手的正統傳人、身高近 2米的桐島神奈。同時,基于山崎真之介留下的設計,由神崎重工完成了對降魔用靈子甲胄“光武”。以銀座大帝國劇場為基地、平日以歌劇團面目出現來掩人耳目的花組,在魔物出現時就會變為守護帝都的戰士,駕駛光武與敵人作戰?! √甏?,苦于戰力及協作性不足的花組來了一位新隊長——海軍少尉大神一郎,《櫻花大戰》的故事也就從這里開始了……