第二集中,尼奧(基努·里維斯 Keanu Reeves 飾)沒有能從內(nèi)部摧毀“母體”,他的身體在真實(shí)世界的飛船上陷于昏迷,思想?yún)s被困在介于“母體”和真實(shí)世界的中間地帶,這個地方由“火車人”控制。墨菲斯(勞倫斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 飾)和崔妮蒂(凱瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 飾)等人知道了尼奧的情況,在守護(hù)天使的帶領(lǐng)下, 找到了“火車人”的控制者梅羅紋奇,經(jīng)過一番激斗,將尼奧救了出來。 此時,電子烏賊部隊(duì)對錫安發(fā)起了猛烈的攻擊,人類組織所有機(jī)甲戰(zhàn)士展開頑強(qiáng)的抵抗,形勢危在旦夕;尼奧和崔妮蒂駕駛了一艘飛船克服重重困難,到達(dá)機(jī)器城市,尼奧終于見到了機(jī)器世界的統(tǒng)治者“機(jī)器大帝”,雙方談判并達(dá)成了協(xié)議:尼奧除掉不受“母體”控制的史密斯,以換取錫安的和平。 在“母體”中,尼奧和史密斯展開了關(guān)系人類生死存亡的最后決斗。